第一部：

主线：人类接触到地外宇宙人，意识到引导着的存在，帝国发现Ausha的行踪，派遣小股部队试探性进攻，打开通路，地球上的引导者无力独自应对，在关键时刻女王降临救场。

主角是一个年轻的Ausha战士Pallas，在战争的最后阶段被俘获，在俘虏船上被帝国部队为了泄愤而残暴对待，本就有限的能量彻底耗竭而在休眠状态下长期治疗，因此年龄保持在20岁（人类意义上的）。而后来到地球协助当地的引导者。

地球引导者Athena也会扮演主角的向导，曾经与主角共同成长，随同女王救回了玩家角色，后来留在地球作为人类文明的引导者。Athena在人类早期扮演过更积极的角色，后来以一个博物馆馆长的身份活动。在游戏开始时比主角大10岁（人类意义上的）。通过两人的对话可以更好的塑造角色以及提供游戏内教程，包括讲述主角陷入休眠后女王带领方舟流亡的故事。另外，Athena在地球的伪装身份是博物馆馆长，以此纪念自己与人类共处的漫长岁月，以及那些已经消亡的人类古代文明的遗产。

在游戏的前期，Pallas刚刚苏醒，对引导者的职责和地球文明没有认识，来到地球更多是因为希望与向导角色重聚。并且，由于当年的遭遇，她格外害怕被侵犯。随着剧情的发展需要，她从关心自己的同伴转向关心人类种族，从战士的角色转向引导者的角色，也许可以作为女奥种族在这方舟流浪的一万年间的转变的缩影。一些历史上关于如何培养哲人王的讨论可能值得借鉴。

Athena作为一个跨越了人类整个历史的观察者，在这一万年的时间里有了怎样的体会？她是否已经忘记了宇宙大战，把关注收缩到人类的小世界？人类历史上不同文明彼此倾轧，她与人类文明的接触反而激发其优越感从而生出战端，这样的故事反复上演，是否会让她的心态有所改变？

在剧情中，Pallas和Athena的角色成长应该是相辅相成的。游戏机制中提到：“能量爆发积累debuff，有一件物品可以在最后一战前消除积累的debuff，可以选择放弃来让另一角色得到更好的结局。”这一设计应该用在这两个角色之间。

第一部战役结束时，根据流程中的选择，主角和引导者之间可能有一人或两人存活，在后续剧情中，如果主角存活，将接替地球引导者的角色。如果只有一人存活，这个角色的名字会变为Pallas Athena，现实中雅典娜作为战争女神时的全称。

游戏系统方面，第一部战役开发过程中，游戏的内容可能比较有限，无法呈现大场面，所以以地球及附近行星上的小规模战斗为主。

第二部：

主线：女王领导方舟剩余的女奥与帝国远征军大战，寻找失落的族人，了解当年灭绝的背后故事，最终击杀皇帝。

帝国阴谋的影响：在女王的视角中，是自己的错误决策导致了文明的毁灭，心理上她处于某种受伤的状态。此外，那场残暴的凌辱也为她的身体带来了创伤，一万年间作为领袖，她无法好好修养。体现在游戏性上，角色会有大量的满等级负面特质，并且会始终带有无法随时间消退的1/3永久性能量爆发的上限惩罚。

不同于第一部以一个较弱的主角开始游戏，女王在登场时就应该极强，在这种情况下，应该怎样在战役中具有成长性？作为一个残破的英雄，女王的力量尽管远超第一部的角色们，但已经无法与鼎盛期相比，而且没有办法继续提升，在故事中，女王需要借助团结他人来获得力量，侧重点从英雄式的力量转为领袖式的力量，也需要解开自己的心结，恢复信念（在设定上，信念与能量挂钩）。在游戏上，可以把提升点更多放在物品装备，与其他女奥的协同技，以及解锁被封印的能量技能上。游戏开始时可能只能用能量强化物理攻击，而无法主动释放能量技，包括能量爆发等。

监查官变节的原因与后续：职位要求她质疑双王的选择，也让她有义务了解和思考那些古代传说。并且，她被俘更早，帝国在当时有优势，导致她对帝国的理念产生了敬畏。在某次战斗中，她意外地发现能量枯竭但结构完好的光明核心会自发吸收物理世界的能量，她提出如果以极高的速度将大量枯竭的光明能量核心打入恒星内部，就能造成坍缩并引起超新星爆发，但这种疯狂的自杀性焦土战术并没有被采纳，滋长了她的不满。在被俘后的遭遇让她怀孕，也让她确定了双方的共同起源。融合了怀疑，畏惧的复杂心理，发现“敌方才是我们在宇宙中的亲族”的震撼，以及在这种境遇下得到的孩子带来的茫然，动摇了她的立场。最终她将用能量激发恒星爆炸的方法贡献给皇帝，以为帝国会通过局部展示武力消解Ausha的抵抗意志，让Ausha通过谈判融入帝国，不想却引发了灭族之祸，此后强烈负罪感的压迫也让她失去了孕育中的孩子。终结之战后，失去了光明能量核心的来源，帝国失去了使用这一毁灭性武器的手段。游戏中，她登场时已经抱有某种木已成舟的态度，在欲望中自我麻醉，也会试图利用欲望来让剩余的女奥接受现实，放弃对帝国的“复仇”。这个角色可以命名为Sabinhil萨宾妮尔，结合Sabine和Nihil两个词，不同于萨宾妇女促成了古罗马部族融合，这个角色失去了一切。

被改造的女奥：一万年里作为帝国核心的玩物的经历让她们对帝国更加敌视，也更擅长应对控制和性攻击，分支故事线中会涉及到寻找和解放被改造的女奥，利用她们特有的力量打击帝国。在了解到变节者的事迹后，她们的仇恨被强烈地激发出来，根据剧情分支的选择，她们可能会要求处死变节者或者同意放过她（可能与第一部的主角有关联），被改造的女奥也可能选择独善其身或者加入女王领导的部众。如果放过变节者，在第三部中她可能会以某种方式赎罪。在剧情的某个时间点，需要破坏掉帝国用来引爆恒星的超级武器，监查官变节者和被改造的女奥可能会在这个过程中发挥作用。

游戏中需要在回忆或梦中展示终结之战的经过，比如在会战中的高光时刻（在中期皇帝的远征军登场后触发），那场极致的凌辱以及毁灭（在游戏早期触发），呈现方式可能类似于Halo Reach结尾的Nobel Six必败的战斗，任务目标从不要高潮，到不要高潮X次，到保持清醒，这些目标都会一个个失败……

征服战争结束后，帝国缩减了军事力量，除了镇守旋臂入口的部队和少量机动部队外，多数军队转入生产。对于仆从种族可能有不平等，但是压迫却没有那么明显，因此仆从种族可能也相当程度地认可帝国的统治。当帝国势力登场的时候，获得的印象应该更多是强盛而非邪恶，这样也可以印证帝国生存逻辑的自洽性。

方舟：造型上仿照Institute of Robotics and Technical Cybernetics，外墙为银白色，同时融入一些曲线，比如V形上方收束的地方可以往里收的同时外棱变平缓，有点像靴子的鞋尖，墙面上是副武器和姿态调整推进器，上下底面是主推进器和主武器，作战方式可以边打边跑，利用主武器的射程远距离摧毁敌舰，也可以快速旋转以充分利用每一个侧面的副武器。方舟上除了生活设施，还有大量的制造设施，用来在可能的战斗中自我修复，以及在安全的地区重建文明。

第二部早期方舟到达地球后，会带来大量的资源以及先进的制造技术，人类可以在太阳系内建造前哨站开采资源，也可以利用方舟的设备将富余的资源转为稀缺的资源。在第二部的某一章节，帝国的远征舰队重创了方舟，方舟不得不强行突破空间封锁进行跃迁，落入了银河系的深处，此后剧情将双线展开。

方舟跃迁后，女王和地球引导者在地球拖延帝国的远征舰队，在此期间，帝国试图通过去军事化以及公开凌辱来瓦解地球人和女奥们的抵抗，军事设施被逐一摧毁，接收了方舟科技的生产设施受到重点打击，生活设施则被保留下来当作谈判筹码，女奥们在无休止的车轮战下慢慢落入下风。

与此同时，卫队长和方舟上剩余的女奥在银河深处解锁当年战争的秘密，方舟上的经济系统将主要依赖从敌军手中夺取以及转化，在寻得意外的盟友，收集足够的资源让方舟自我修复后，在关键的时刻回到地球。

可以让老皇帝成为一个更复杂的角色。因为帝国的繁荣和长期宣传中对女奥的矮化，在其他人看来，皇帝亲征只是一次心血来潮的猎艳。但他实际上有着更深层的目的，他坚信黑暗理念的正确性，也比其他人更忌惮女奥们的实力，包括她们核心中隐含着的力量。终结之战最终的阴谋，是当时他认为自己银河一统的事业到了功亏一篑的边缘，不得已而为之，后来对银河中心剩余部分无比顺利的征服让他反思当年的残暴行径是否超出必要。得知女王仍然存活后，他担心着她们的复仇将摧毁银河的安宁，也幻想着能与她们和解，让她们的力量为帝国所用。在坚守在地球上的女奥们越来越不堪重负的时候，他出人意料地要求与女王对决，在对决中，他起初不敌，然后用某种秘密武器压制住女王，不同于当年的暴行，他温和地挑逗然后结合，提议要为Ausha延续血脉。而后女王在其他女奥和人类帮助下解除限制，击败了皇帝。在女王抓住倒在地上奄奄一息的皇帝，用压倒性的能量将他瓦解之前，他最后说出的是“不要毁掉……”，没人能知道指的具体是帝国，Druge和Ausha两族，还是银河系。皇帝命名为Tarsos塔索斯，源自Starcraft1故事中同样被阴谋毁灭的联邦首都Tarsonis。Tarsos也指足部后端的骨骼，或暗示皇帝的某种喜好。

老皇帝在最终对决中会使用一些光明能量技能，比如吸收护盾，反应他在晚年的思想变化。他的太阳系远征处在为了生存和为了遗产之间的模糊地带。他会用隔空取物一样的方式修复城市中前几次在打斗中意外受损的建筑，以表达诚意，如果被打断，则会引来嘲讽和后续的严厉羞辱。

游戏系统方面，第二部因为增加了双方的正面交锋，可能会涉及的多对多战斗以及协同技。有些关卡会需要在宇宙飞船中战斗，战斗方式会影响其他房间内的敌人是否会发现并赶来增援，可能会为改造女奥在这方面设计一些特长。飞船上都有重力产生器，这就像超光速旅行一样容易，否则飞船内的人物动作都会和地面上不同且没有可参照的材料。设定上，女奥可以在太空环境中生存，但是不能超光速，所以飞船还是需要的，这就像走路和坐车。

第三部：

主线：当皇帝阵亡，远征军全灭的消息传回，帝国将揭下其真面目。人类女奥的创生和其他被引导文明的故事。与Druge帝国的全面战争，处理帝国的仆从种族，银河系的未来。

第一仆从种族Milos：Milos母星的纪念碑上刻有Milos人与Druge使者的对话：“请问，我们做奴隶，而你们做主人，这怎能证明对我们彼此都有益处呢？” “因为你们适应了，就可以免遭自然淘汰。我们吸纳你们，就可以变得更加强大。” 后续剧情发展中，这一种族的对Ausha的态度会很复杂，他们感念Ausha先祖为他们的文明所付出的代价，但是帝国也客观上提升了他们的文明水平。作为第一仆从种族，他们也已经与帝国紧密“合作”无数个世代，获得了远超其他种族的地位。不过，在游戏发生的时间点，Milos已经因为先天素质跟不上帝国的新子民们，被机械飞升了。在战役中，该种族的一部分星球会倒向女奥，成为她们的盟友，另一部分站在Druge身边。一些现代对殖民主义的思考可以融入这个种族的故事中。

鬼魂： 某种介于物质与非物质之间的灵体生物，拥有极强的攻击欲和对生者，尤其是能量使用者的憎恨。它们原本是帝国疆域内一个发展较晚，但是同样具有高度精神天赋的种族，Zurvon 折妄，它们能感受到能量，但是它们对能量世界的探索始终停留在某种纯粹而混沌的状态。在早期，它们的能力对帝国的行政有重要的作用，后来因为技术演进，这种功效被取代，帝国劝导它们进行机械改造。但Zurvon对此非常抗拒，帝国于是下令强制执行机械飞升。在种族级别的转换仪式中，发生了某种极其疯狂的变故——或许是集体的潜意识反抗，亦或是意识上传技术的灾难性崩溃——他们没有成为冰冷的机器，而是在肉体销毁的瞬间，转化为了无法消散的、充满怨毒的能量漩涡。 这一事件造就了帝国版图中最大的禁区。它们的攻击对 Druge和Ausha这样的高能生物体格外致命，其特有的虚空之触会剧烈燃烧目标的能量，在吸收了足够的能量或占据了实体残骸后，它们甚至能短暂地重塑恐怖的物理形态。帝国不得不派遣机械军团，在星区外围建立严密的封锁线，将这些鬼魂困在其中，双方就这样僵持了数千年，鬼魂无法突破封锁，而任何进入该区域的实体都会被瞬间吸干生命力或被附身夺舍。皇帝那能够压制女王的秘密武器，正是源于对这种“反能量生物”的禁忌研究。对于帝国而言，这是一个失败的实验品，但也是一个在绝境中可能会被释放出来的，毁灭一切的终极手段。

与帝国的冲突开始，帝国派出的仍然是常规部队，不过从跟随皇帝亲征的精锐部队变成了配有大量仆从种族的人海战术。中期会有鬼魂无差别地进攻女奥和仆从种族。在最后期，帝国所有的部队都会变成半人半鬼魂的融合怪，且可以与鬼魂共同作战，融合怪攻击的燃烧能量效果略弱于纯种鬼魂。由于Druge不会允许仆从种族获得普遍的反能量手段，忠于帝国的仆从种族不会接受鬼魂改造，这些部队同样会遭受纯种鬼魂的攻击。

黑暗理念和光明理念的差异，在没有危机的情况下是难以分辨的，且没有太大的优劣之分。在种族为单位的层面上，黑暗理念是“开明的自利”，帝国整体强大意味着核心种族的生存更稳固，所以Druge也会积极发展自己控制的疆域，也会为照顾仆从种族的利益。真正的差别体现在种族自身的生存受到威胁的时候，对于抱有光明理念的Ausha，自己的种族的灭亡并无妨碍，她们行为的目的就是在自己灭亡后，银河系的其他种族能够生存得更好。而对于保持黑暗理念的Druge，如果自己灭亡，其他种族是生是死都毫无意义，他们会不惜牺牲每一个仆从种族来保障自己的生存，而当自己灭亡的灾难迫近，他们最后的疯狂与无差别毁灭的边界会变得模糊，有如尼禄法令。

帝国原仆从种族：随着战役进行，越来越多的仆从种族会倒向女奥，这些种族有些会提供巨大战士（战斗机制与敌对时相似，但是因为获得情欲加成的机会变少，所以使用起来更弱），有些会提供辅助军。然而，每一个“归顺”的仆从种族都会有一些潜伏者，会在恰当的时候反水（如伊斯特凡五号星故事），所以携带“归顺”的仆从种族参加战斗有短期风险。随着与解放的仆从种族的关系拉近，以及在战斗中揪出更多潜伏者，遇到潜伏者的概率会变低。每一个解放的仆从种族都会在最后一战中提供不可操控的援军，未能消除的潜伏着会在此时集体反水。

最后一战会面对陷入癫狂的新皇帝，已经和鬼魂完成融合的帝国精锐部队，分批进入的忠诚派仆从种族和大量的鬼魂，战斗会极端困难。在最后一战中，如果所有参战的女奥都陷入危机（失去意识或者处在被侵犯的过程中）或者女王自身即将失去战斗能力，女王会释放加强的能量爆发，消耗自己剩余的所有生命，为所有在场的女奥开启能量爆发效果。持续时间结束后，女王自身会化为光消失，并对所有的敌人造成一次高额杀伤，为在场的女奥提供没有时间限制的能量爆发增益。在剧情发展中，女王的强度成长体现在协同战斗和恢复对光明能量的掌控，最后的牺牲也是角色成长自然达到的终点，大多数玩家第一次流程会遇到这个结局。而对于那些在剧情分岔点做出了更好（通常也让游戏更困难）的选择，培养了更强的角色，团结了更多的被引导种族和前仆从种族，展现出更精湛的战斗技巧的忠实玩家，女王会有机会亲眼目睹自己创造的未来。

新的秩序会更接近共和制，不同文明自由发展，宇宙警备队负责各地区的防务。在帝国轰然瓦解之后，仆从种族大多选择投降。少部分追随Druge帝国的残部躲进了茫茫的宇宙深处，时而发起攻击。归附的仆从种族会被融入新的秩序，并得到警备队的保护。警备队的女奥们有时会前往归附种族的竞技场中进行“负重训练”演练战斗技巧，也为当地居民提供消遣。（类似于空洞骑士寻神者dlc，某些规则会与标准战斗不同，比如禁用能量爆发，敌人不会被解体）

第三部因为涉及在更广阔疆界内的战争，游戏系统中会添加战略的部分，帝国可能在各处发动进攻，而被引导的星球和归附的仆从种族星球都需要保护，所以需要把力量（玩家可操控角色，其他女奥，辅助军）分配到各个星区内，也可以调动力量攻击敌方占有的星区，消灭其中的军事力量，能否占领取决于当地的种族对女奥的支持度。

剧情的结尾可以快进到几万年之后，不同种族的人在纪念最后一个Ausha战士的离世，可能是第一部的主角，如果她在最终战役中幸存的话。她的遗体被装上十字架，连同十字架一起封存在水晶中。镜头随着水晶移动到一个庞大的玫瑰窗样式的构造体当中，背对着一个人造光源，窗子的中心是一个能量灯一样的大型圆形水晶，保存着其他所有Ausha战士遗体的棱形水晶被呈环状排列在外围。随着最后一块水晶放入完成整个图形，整个窗子开始缓慢地转动，将光投影在一个环形的太空站，太空站由一系列大小不一的舱室组成，里面是身高各不相同的生物。悼词沿着舱室一句接一句的传出来，从第二个舱室开始，声音会有同声传译的效果，会先有一两秒不明的外星语，然后是英语。视角拉远，悼词的声音淡去，画面中是一个旋转的环形太空站和中心旋转的玫瑰窗，在视觉暂留效应下像一只眼睛。视角拉远，一个黯淡的星区，Ausha被毁的母星，所有的恒星都已经熄灭。继续拉远，被摧毁的恒星产生的星云。继续拉远，璀璨的银河系。

人类故事线：

关于人类与女奥的关系的探讨会穿插在三部故事当中。

关于人类的剧情有几个矛盾：女奥让人类卷入了这场庞大而且形势不利的战争，人类怀疑女奥的动机是真的出于善意，还是把自己作为战争中用来翻盘的棋子。女奥作为引导者在人类历史发挥的作用，撼动了人类的世界观，人类怀疑自己是否有自己的文明，是否有自己的自由。由于双方共同的美学观念，女奥的身体成为人类欲望的对象。

剧情中某处，狡诈的宇宙人以某种方式让普通人类亵渎了自己的守护者，这里既是欲望的满足，也是对自己文明的守护者的反叛。在许多转折之后，这反而让人类有了以技术手段巨大化的能力，加上女奥从自己基因库中解码的关于能量循环的基因，人类可以产出自己的巨大化女战士。由于能量循环的重要片段与性染色体有关，而Ausha男性的基因组已经丢失，只有人类女性可以在巨大化后获得身体素质上的强化和使用能量战斗的能力。不过，部分人相信巨大化技术对人类男性有壮阳的功效，根据公开资料推测，也许是真的吧。。

由于是新生种族，人类女奥能够承载的能量更少，也无法使用攻击性能量技，对应的战衣防护性能也略弱于Ausha一族，低能量让她们在面对？？？的战斗中反而有一定优势。为了弥补能量技的不足，人类女奥会利用更多的装备，包含手持式等离子炮之类的轻装备，以及二合一长枪/MAC炮之类的重装备，有时也会装备额外护甲。

帝国在地球远征期间也扶持了亲帝国派组织。这个组织践行了帝国的准则，有绥靖，但也有为达目的不择有段的方面。女奥有时候需要以人类形态与这个组织对抗。当帝国远征军被打败之后，也需要决定如何处理这个组织。在这一系列情节中，地球人完成为被保护，到被拖入战争，到恐惧以至于逆反，到自我选择加入战争的转变。

剧情中也会加入几个其他的被引导种族的故事：向帝国献出了自己的引导者并且充当帝国密探的，人类的老朋友，蜥蜴人。因为好战嗜血而被守护者放弃，同样是人类的老朋友，灰人。身体孱弱，无法产生出巨大战士，但是人均航空天才，为后期的太空战争提供了很大帮助的坎巴拉人。

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